2005年辖：2个地级市、7个地区、5个自治州；11个市辖区、20个县级市、62个县、6个自治县。

乌鲁木齐市　　辖7个市辖区、1个县。市人民政府驻天山区克拉玛依东路1316号。 　　天山区　　　　　　　　　　沙依巴克区　　　　　　　　新市区　　　　　　　　　水磨沟区　　　　　　　　　头屯河区 　　达坂城区（达坂城镇）　　　东山区 　　乌鲁木齐县（乌鲁木齐市水磨沟区）

克拉玛依市　　辖4个市辖区。市人民政府驻克拉玛依区天山路42号。 　　克拉玛依区　　　　　　　　独山子区　　　　　　　　　白碱滩区　　　　　　　　乌尔禾区

直辖行政单位　　4个县级市 　　石河子市　　　　　　　　　阿拉尔市　　　　　　　　　图木舒克市　　　　　　　五家渠市

吐鲁番地区　　辖1个县级市、2个县。地区行政公署驻吐鲁番市柏孜克里克路4号。 　　吐鲁番市 　　托克逊县（托克逊镇）　　　鄯善县（鄯善镇）

哈密地区　　辖1个县级市、1个县、1个自治县。地区行政公署驻哈密市建国南路28号。 　　哈密市 　　伊吾县（伊吾镇）　　　　　巴里坤哈萨克自治县（巴里坤镇）

和田地区　　辖1个县级市、7个县。地区行政公署驻和田市塔纳依北路2号。 　　和田市 　　和田县（巴格其镇）　　　　洛浦县（洛浦镇）　　　　　民丰县（尼雅镇）　　　　　皮山县（固玛镇）　　　　　策勒县（策勒镇） 　　于田县（木尕拉镇）　　　　墨玉县（喀拉喀什镇）

阿克苏地区　　辖1个县级市、8个县。地区行政公署驻阿克苏市西大街3号。 　　阿克苏市 　　温宿县（温宿镇）　　　　　沙雅县（沙雅镇）　　　　　拜城县（拜城镇）　　　　　阿瓦提县（阿瓦提镇）　　　库车县（库车镇） 　　柯坪县（柯坪镇）　　　　　新和县（新和镇）　　　　　乌什县（乌什镇）

喀什地区　　辖1个县级市、10个县、1个自治县。地区行政公署驻喀什市解放北路46号。 　　喀什市 　　巴楚县（巴楚镇）　　　　　泽普县（泽普镇）　　　　　伽师县（巴仁镇）　　　　　叶城县（喀格勒克镇） 　　岳普湖县（岳普湖镇）　　　疏勒县（疏勒镇）　　　　　麦盖提县（麦盖提镇）　　　英吉沙县（英吉沙镇） 　　莎车县（莎车镇）　　　　　疏附县（托克扎克镇）　　　塔什库尔干塔吉克自治县（塔什库尔干镇）

克孜勒苏柯尔克孜自治州　　辖1个县级市、3个县。自治州人民政府驻阿图什市帕米尔西三院。 　　阿图什市 　　阿合奇县（阿合奇镇）　　　乌恰县（乌恰镇）　　　　　阿克陶县（阿克陶镇）

巴音郭楞蒙古自治州　　辖1个县级市、7个县、1个自治县。自治州人民政府驻库尔勒市巴音东路。 　　库尔勒市 　　和静县（和静镇）　　　　　尉犁县（尉犁镇）　　　　　和硕县（特吾里克镇）　　　且末县（且末镇）　　　　博湖县（博湖镇） 　　轮台县（轮台镇）　　　　　若羌县（若羌镇）　　　　　焉耆回族自治县（焉耆镇）

昌吉回族自治州　　辖3个县级市、4个县、1个自治县。自治州人民政府驻昌吉市延安北路10号。 　　昌吉市　　　　　　　　　　阜康市　　　　　　　　　　米泉市 　　奇台县（奇台镇）　　　　　玛纳斯县（玛纳斯镇）　　　吉木萨尔县（吉木萨尔镇）　呼图壁县（呼图壁镇） 　　木垒哈萨克自治县（木垒镇）

博尔塔拉蒙古自治州　　辖1个县级市、2个县。自治州人民政府驻博乐市青得里大街201号。 　　博乐市 　　精河县（精河镇）　　　　　温泉县（博格达尔镇）

伊犁哈萨克自治州　　辖2个地区；直辖2个县级市、7个县、个自治县。自治州人民政府驻伊宁市斯大林街60号。 　　（自治州直辖） 　　　　伊宁市　　　　　　　　　　奎屯市 　　　　伊宁县（吉里于孜镇）　　　特克斯县（特克斯镇）　　　　尼勒克县（尼勒克镇）　　　　昭苏县（昭苏镇） 　　　　新源县（新源镇）　　　　　霍城县（水定镇）　　　　　　巩留县（巩留镇）　　　　　　察布查尔锡伯自治县（察布查尔镇） 　　塔城地区　　辖2个县级市、4个县、1个自治县。地区行政公署驻塔城市新华路169号。 　　　　塔城市　　　　　　　　　　乌苏市 　　　　额敏县（额敏镇）　　　　　裕民县（哈拉布拉镇）　　　　沙湾县（三道河子镇）　　　　托里县（托里镇） 　　　　和布克赛尔蒙古自治县（和布克赛尔镇） 　　阿勒泰地区　　辖1个县级市、6个县。地区行政公署驻阿勒泰市解放路341号。 　　　　阿勒泰市 　　　　青河县（青河镇）　　　　　吉木乃县（托普铁热克镇）　　富蕴县（库额尔齐斯镇）　　　布尔津县（布尔津镇） 　　　　福海县（福海镇）　　　　　哈巴河县（阿克齐镇）