在历史上，大报恩寺所在的长干里，不但佛寺屡毁屡建，而且与佛祖舍利有不解之缘。

　　祁海宁在《金陵大报恩寺史话》中对这种渊源作了细致的考证：早在公元248年，印度高僧康僧会在孙权的帮助下，建了阿育王塔，并将佛祖真身舍利供奉其中。以阿育王塔为中心的建初寺，是中国南方最早的寺庙。

　　东晋孝武帝时，毁于叛乱的建初寺得到重建，更名为长干寺。北方僧人慧达在长干寺地下发现一只铁箱，铁箱内套着银箱，银箱内又套金箱。金箱内收藏着多枚晶莹圆润的佛祖舍利，另外还有佛祖留下的指甲和头发等物。据史书记载，慧达重建阿育王塔时，盛装舍利的器具也更为郑重——最外层为坚固的石函，函内放置铁壶，壶内放置银坩，坩内放置金镂罂，罂内再放置一只琉璃碗，碗内方才盛装舍利。

　　笃信佛教的梁武帝萧衍对长干寺双塔进行改造，他将舍利分为两份，每份都用金罂、玉罂层层盛装，然后分别放入两座由黄金、宝石制成的七宝小塔中，最外层用石函封固。这两个石函连同各种宝物分别放入两座塔的地宫之中，使得地宫之中“珍宝充积”。

　　唐长庆四年（公元824年），润州刺史李德裕将荒废已久的长干寺阿育王塔地宫再次打开，发现了21枚舍利。其中的11枚迁往润州（今镇江），另外的10枚则被留在了原地。

　　北宋年间，宋真宗下诏整修长干寺，并新建了9层佛塔，赐名为“圣感舍利塔”，塔下建地宫，收藏传世舍利应是毋庸置疑的。天禧二年（1018年），宋真宗下诏将长干寺改称为天禧寺。

　　元代，天禧寺是享有崇高地位的江南大刹。元世祖忽必烈不仅赐给该寺主持“佛光大师”的尊号，而且将秦桧家族位于南京江宁县的家庙旌忠寺没收，拨给天禧寺作为下院，以壮大天禧寺的经济实力。后来，忽必烈干脆下诏将天禧寺改名为“元兴天禧慈恩旌忠教寺”，将天禧寺与元朝的兴盛直接联系起来。

　　唐代以后，为防止有人觊觎舍利，地宫藏有舍利一向秘而不宣，但明代四大高僧之一的憨山德清有一段记录还是泄露了大报恩寺琉璃塔下的秘密：正德十五年(1519年)，明武宗朱厚照驾临大报恩寺，他进入琉璃塔底层大殿时，突然发现地下留着一个长方形的小孔。他向司值的僧人询问，僧人惊慌之中说这是“金井”（墓葬中放置棺木的地方留的小孔）。朱厚照听了面带怒容，大报恩寺方丈西林大师赶紧出面解围。他说这叫“气眼”，留此气眼是为了让佛祖舍利接触生气，保持灵性。根据这条记载我们可以推测地宫之中藏有珍贵的佛祖舍利。